Фамилия Ботабекова — женская форма фамилии Ботабеков, которая имеет отчетливое тюркское происхождение. Её основа составная: первая часть «бота» в казахском и других тюркских языках означает «верблюжонок» (детёныш верблюда), а вторая часть «бек» — традиционный титул, обозначающий князя, господина или военачальника. Таким образом, имя Ботабек (от которого образована фамилия) можно перевести как «господин-верблюжонок» или «князь-верблюжонок».

Словообразовательная модель здесь типична для тюркских фамилий, русифицированных через суффикс -ов/-ев. Изначально Ботабек — это личное имя, которое давали мальчику, возможно, с пожеланием выносливости и силы, как у верблюда, или в знак особой нежности и ценности ребенка (верблюжонок в кочевой культуре — символ богатства и будущей силы). Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: «Ботабекова» — дочь или жена человека по имени Ботабек.

Интересно, что в тюркской ономастике имена с компонентом «бота» встречаются реже, чем с «бек» или «бай», что делает фамилию сравнительно редкой. В отличие от фамилий на -ин или -ский, которые чаще встречаются у славян, Ботабекова — яркий пример адаптации кочевого именослова в русскую фамильную систему. Географически фамилия бытует преимущественно в Казахстане и среди казахской диаспоры, а также в регионах России с большим тюркским населением (Оренбургская, Астраханская области).

Версия о том, что «бота» может быть искажением от арабского «бата» (утка) или персидского «бота» (куст), маловероятна: контекст «бек» (титул) однозначно указывает на тюркскую основу. Так что предки носителей фамилии — скорее всего, люди из кочевых или полукочевых родов, где имя Ботабек давали как благопожелательное, а с переходом к оседлости и паспортизации оно закрепилось как фамильное.