Фамилия Ботанбекова — редкий пример фамилии, в которой тюркское имя скрестилось с русским суффиксом принадлежности. Она образована от мужского имени Ботанбек, а суффикс -ов (в женском роде -а) указывает на то, что предок носителя фамилии был сыном или потомком этого человека. То есть Ботанбекова буквально значит «принадлежащая к роду Ботанбека».

Само имя Ботанбек составное. Первая часть, «ботан», восходит к тюркскому слову «бота» — «верблюжонок». В тюркской ономастике названия детёнышей животных часто служили ласковыми прозвищами или именами-оберегами, давая ребёнку символическую защиту. Вторая часть, «бек» (или «бий»), — распространённый титул, означающий «господин», «князь», «вождь». В составе имени он придавал статусность. Таким образом, имя Ботанбек можно перевести как «князь-верблюжонок» или «господин, подобный верблюжонку», что звучит необычно, но в традиционной культуре было вполне уместным — сочетание нежности и знатности.

По модели образования фамилия Ботанбекова — типичный пример того, как в XIX–XX веках у народов Средней Азии и Казахстана при оформлении документов (особенно в Российской империи) к местным именам добавляли русские патронимические суффиксы. Это не говорит о русском происхождении корня, а лишь о бюрократической фиксации. Встречаются варианты написания с «-ев» (Ботанбекев) или без суффикса вовсе (Ботанбек), но именно форма на -ова закрепилась в русскоязычных записях.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены тюркские языки: Казахстан, Киргизия, Узбекистан, а также к диаспорам этих народов в России. Носительниц фамилии Ботанбекова мало, и в открытых источниках не встречается широко известных публичных фигур с такой фамилией. Это не делает её менее ценной для семейной истории: скорее всего, предки были скотоводами или мелкими землевладельцами, а имя Ботанбек передавалось как родовое.

Отдельно стоит обратить внимание на ударение. В русском языке фамилию чаще произносят с ударением на последний слог — Ботанбековá, хотя в оригинале (на тюркский лад) ударение падает на второй слог: Ботáнбек. Разница в произношении — ещё один след адаптации фамилии к русской языковой среде.