Фамилия Ботанин — одна из тех, что на первый взгляд кажутся прозрачными, но при ближайшем рассмотрении открывают неожиданные повороты. Самый очевидный ход — связать её с растением «ботаника», но здесь есть нюанс: слово «ботаника» пришло в русский язык из немецкого лишь в XVIII веке, а фамилии массово складывались раньше. Поэтому корень, скорее всего, другой, более древний.

В основе фамилии лежит прозвище Ботаня. В русских говорах «ботать» означало «бить, колотить», а «ботало» — это палка с привязанной к ней дощечкой, которой рыбаки пугали рыбу, загоняя её в сети. Человек, который «ботал» — шумел, стучал, активно работал боталом, — мог получить прозвище Ботаня. Отсюда и фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Ботанин», то есть сын или потомок Ботани.

Менее вероятная, но всё же возможная версия — связь с диалектным словом «ботан», означавшим «болтун, пустомеля» или, напротив, «бойкий, задиристый человек». В некоторых областях «ботать» значило «говорить громко, кричать». Тогда Ботаня — прозвище словоохотливого или шумного человека.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России, что подтверждает её связь с промысловым словарём — ботало было распространённым орудием именно в этих краях. Однокоренные фамилии — Боталов, Ботанов, Ботвин — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что показывает вариативность народной ономастики.

Таким образом, предок современных Ботаниных, скорее всего, был не учёным-естествоиспытателем, а обычным человеком, которого прозвали за манеру поведения или род занятий — рыбака, крикуна или просто задиру. Фамилия сохранила это прозвище в неизменном виде, обойдясь без книжных заимствований.