Фамилия Ботан — редкий случай, когда основа совпадает с современным жаргонным словом. Но к студенту-отличнику или «ботанику» она не имеет никакого отношения: фамилия возникла задолго до появления этого сленга.

В основе лежит древнерусское прозвище Ботан. Слово «ботать» означало «бить, колотить» (отсюда «ботало» — колотушка пастуха или рыбацкое приспособление для загона рыбы). Прозвище Ботан могли дать человеку шумному, крикливому, либо тому, кто работал с боталом — пастуху или рыболову. Более прозаичная версия: «ботать» на диалектах значило также «качать, шатать», и прозвище могло пристать к неуклюжему, косолапому человеку.

Суффикс в фамилии нулевой, что характерно для прозвищ, перешедших в фамилии без изменений (как Смирнов, но Смирна — не фамилия, а Ботан — сразу прозвище). Такая модель — «голое» прозвище без суффикса принадлежности — встречается реже, чем фамилии на -ов/-ин, и часто указывает на позднее оформление или на происхождение из среды, где фамилии закреплялись в просторечной форме.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и Украине, где слово «ботати» сохранялось в живом употреблении дольше. Встречается также вариант Ботанов — с более привычным суффиксом, но именно Ботан, без наращения, сохранил исходный вид прозвища.

Известных носителей с этой фамилией в истории немного, что подтверждает её редкость. В ономастических словарях (например, у Веселовского) однокоренные прозвища Бот, Ботало фиксируются с XV–XVI веков, что позволяет отнести и фамилию Ботан к тому же хронологическому слою.