Фамилия Ботанкин — редкий случай, где основа настолько прозрачна, что сбивает с толку. Вопреки первому впечатлению, она никак не связана с современным словом «ботан» — зубрилой или увлечённым наукой человеком. Это значение появилось в языке лишь во второй половине XX века, а фамилия фиксируется в документах как минимум с XIX столетия.

Вероятнее всего, в основе лежит диалектное или устаревшее слово «ботан», которое в разных говорах означало либо «толстяк, пузан» (от «ботать» — набухать, раздуваться), либо «неповоротливый, медлительный человек». В некоторых областях «ботаном» называли брюкву или крупный корнеплод — прозвище могло достаться огороднику или торговцу овощами. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ботанкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Ботан.

Модель образования типична для русских фамилий, но сама основа редка. В отличие от массовых фамилий вроде Боталов или Ботанов (от глагола «ботать» — стучать, бить), Ботанкин не встречается в центральных губерниях. Географически фамилия тяготеет к северо-востоку — отдельные записи о Ботанкиных есть в метрических книгах Вятской и Пермской губерний. Это косвенно подтверждает связь с северными диалектами, где слово «ботан» фиксировалось в значении «пухлый, надутый».

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не упоминается — она относится к числу локальных и малочисленных. Альтернативная версия, что Ботанкин мог образоваться от тюркского имени или прозвища (например, «ботан» — «знающий» в некоторых тюркских языках), маловероятна: суффикс -ин и русская модель склонения указывают на исконно славянскую основу, пусть и диалектную.

Так что предки Ботанкиных — скорее всего, крестьяне или мещане северных и приуральских земель, получившие прозвище за внешность или характер. Никакого отношения к ботанике или отличникам эта фамилия не имеет.