Фамилия Ботаник — редкий случай, когда основа слова остаётся полностью прозрачной, но её значение в фамилии неочевидно. В современном русском языке «ботаник» — это и специалист по растениям, и школьное прозвище для прилежного, неспортивного ученика. Однако фамилия с таким корнем появилась задолго до того, как слово приобрело второе, переносное значение.

Слово «ботаника» пришло в русский язык из немецкого (Botanik) или латыни в XVIII–XIX веках, вместе с развитием науки. Поэтому прямое происхождение фамилии от названия учёного маловероятно для крестьянской или мещанской среды, где фамилии закреплялись в основном до середины XIX века. Скорее всего, в основе лежит не книжный термин, а местное диалектное слово. В некоторых говорах «ботаник» или «ботан» могло означать «болтун», «пустомеля» (от глагола «ботать» — говорить, стучать, бить). В этом случае фамилия относилась к группе «говорящих» прозвищ по характеру.

Модель образования простая: корень «ботан-» плюс типичный для русских фамилий суффикс -ик. Такая модель (Травник, Садовник, Рыбник) часто указывала на род занятий или склонность человека. Но если принять версию с «ботать», то Ботаник — это не учёный, а скорее говорун или задира. Альтернативная, более редкая версия связывает фамилию с личным именем Ботан — краткой формой от православного имени Борис (в некоторых регионах Ботан было уменьшительным от Борислав или Борис). В этом случае фамилия перешла в разряд патронимических: Ботаник — сын Ботана, то есть Бориса.

Географически фамилия встречается в основном в западных и северо-западных регионах России (Псковская, Новгородская области), где диалектная лексика сохранилась лучше, а книжные заимствования приживались медленнее. Встречается она и у украинцев, что подтверждает версию о народном, а не научном происхождении корня. Сравните с однокоренной фамилией Ботанов — там суффикс -ов указывает на прямое отчество, а -ик в Ботанике скорее подчёркивает прозвищный характер: «тот, кого прозвали Ботаном».

Таким образом, носитель фамилии Ботаник, скорее всего, потомок человека, которого в деревне звали за словом в карман не лезет, или же — что менее вероятно, но не исключено — сын Бориса, чьё имя в народной форме звучало как Ботан.