Фамилия Ботто звучит нехарактерно для русского уха, но в её основе лежит вполне славянская модель прозвищ. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Ботто — это фамилия без суффикса, так называемая «застывшая» форма прозвища. Такие фамилии в России часто давали выходцам из западных регионов или представителям духовенства, но в случае Ботто картина иная.

Корень, скорее всего, происходит от слова «бот» или «ботать». В диалектах русского языка «ботать» означало «бить, колотить», а также «говорить быстро и невнятно, болтать». Отсюда «бот» — человек, который ботает, то есть либо драчун, забияка, либо пустомеля, говорун. Прозвище Ботто — это уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма, характерная для украинского и белорусского языков, где окончание -о часто придаёт слову оттенок просторечия. Таким образом, фамилия Ботто могла возникнуть на территории современной Украины или Беларуси, где прозвище закрепилось без дополнительных суффиксов, как, например, фамилии Голова, Шевченко или Лысенко.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, — итальянское происхождение. В итальянском «botto» означает «удар», «взрыв» или «хлопок». Фамилия Ботто действительно встречается в Италии, особенно на севере. Однако в русском контексте носители такой фамилии — это почти всегда потомки обрусевших итальянцев, например, архитекторов или художников, работавших в России в XVIII–XIX веках. Определить, какая версия верна для конкретной семьи, можно по географии: если предки из Черниговской или Гродненской губернии — скорее славянское прозвище; если из Петербурга или Одессы среди дворян — возможно, итальянский след.

С точки зрения словообразования фамилия Ботто уникальна для русского ономастикона. Она не вписывается в типовые схемы, что делает её ценной для историков: такие фамилии почти всегда указывают на конкретное, яркое прозвище предка, которое не стёрлось со временем.