Фамилия Ботко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках была одной из самых продуктивных на Левобережье и Правобережье. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские фамилии на -ко часто фиксировали прозвище в чистом виде, без притяжательного суффикса. Ботко — это не сын Бота, а сам человек, которого так окрестили.

Основа фамилии — прозвище Бот. Его происхождение спорно, но наиболее вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «ботать» — бить, колотить, стучать. В говорах «ботало» — это и колотушка сторожа, и шест для загона рыбы в невод. Прозвище Бот мог получить либо шумный, крикливый человек, либо тот, кто работал с «боталом» — рыбак или сторож. Менее убедительна версия о связи с польским bot (башмак) — прозвище «башмак» могло относиться к сапожнику, но в украинской среде такое объяснение встречается реже.

Суффикс -ко в украинской ономастике выполнял несколько функций. В XVI–XVII веках он мог быть уменьшительно-ласкательным, но к моменту закрепления фамилий превратился в нейтральный фамильный формант. Интересно, что в некоторых регионах (особенно на Западной Украине) фамилии на -ко могли образовываться от личных имён, например, от Богдан — Бодько, но в случае с Ботко основа явно прозвищная.

Географически фамилия Ботко наиболее распространена в центральных и восточных областях Украины, а также в приграничных регионах России. В белорусской ономастике встречается аналогичная модель (Ботко, Ботка), но там прозвище чаще связывают с «ботать» в значении «говорить, болтать» — то есть болтун.

Социальный слой носителей фамилии — преимущественно крестьяне и казаки. В реестрах запорожского казачества XVII века встречаются прозвища Бот, Ботко, что указывает на возможное происхождение от казацкой среды, где прозвища часто давались по характеру или занятию. Дворянских родов с этой фамилией в Российской империи не зафиксировано — это однозначно народная, неаристократическая фамилия.