Фамилия Ботук — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если смотреть на неё как на русскую, то первое, что бросается в глаза, — отсутствие типичного фамильного суффикса (-ов, -ин, -ский). Это сразу наводит на мысль, что перед нами либо фамилия, застывшая в форме прозвища, либо пришедшая из другого языка.

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «боту» или «бота» означает «верблюжонок». Суффикс «-ук/-ык» в этих языках часто образует уменьшительные или ласкательные формы, а также может указывать на принадлежность. Таким образом, Ботук — это «верблюжонок» или «сын верблюжонка». Прозвище могли дать человеку за сходство с этим животным (например, за высокий рост, длинную шею или спокойный нрав), либо оно имело тотемный смысл — как пожелание выносливости и силы.

Менее вероятная, но возможная версия — славянская. В русских говорах встречается слово «бот» — «глупый, бестолковый человек» или «толстяк». С суффиксом «-ук» (характерным для западных и южных регионов, особенно для Украины и Беларуси) оно могло дать прозвище Ботук — «сын бота» или просто «ботоватый». Однако эта версия слабее, так как слово «бот» в значении «глупец» было редким и локальным, а фамилия Ботук чаще фиксируется в Поволжье и на Урале — как раз в зоне активных тюркско-славянских контактов.

География фамилии подтверждает тюркскую версию. Ботуки встречаются среди татар, башкир, а также среди русских, долго живших по соседству с ними. Встречается фамилия и в Молдове — возможно, через гагаузское или ногайское влияние. В польском языке есть фамилия Botuk, но она, скорее всего, также восходит к тюркскому корню, принесённому в Речь Посполитую татарскими переселенцами.

Особенность фамилии Ботук в том, что её носители, скорее всего, не были дворянами или духовенством. Такие «голые» прозвища без суффикса обычно закреплялись за крестьянами, ремесленниками или казаками. В документах XVI–XVII веков Ботук мог фигурировать как личное прозвище, а фамилией оно стало уже в XIX веке, когда крестьян начали массово записывать.

Однокоренные фамилии — Ботов, Ботуков — встречаются чаще, но Ботук сохранил исходную форму, что делает его более древним по звучанию и более редким.