Фамилия Ботов — одна из тех, где исходное слово лежит на поверхности, но за ним скрывается не один, а два возможных пути. Самая прямая и убедительная версия отсылает к нарицательному «бот» — небольшому парусно-гребному или моторному судну. Прозвище Бот могли дать рыбаку, который постоянно выходил в море на таком судне, или мастеру, строившему лодки. В этом случае фамилия образована по стандартной модели: прозвище плюс патронимический суффикс -ов, то есть «сын Бота». Географически такая версия особенно вероятна для северных и приморских регионов, где боты были обычной частью промысла.

Вторая версия сложнее и менее надёжна, но её нельзя отбрасывать совсем. Она связывает прозвище с глаголом «ботать». В тамбовских говорах «ботать» значило «качать, болтать, колебать», а в новгородских — «топать, стучать ногами». Если следовать этой логике, Ботом могли назвать человека неуверенного, шаткого в походке или, наоборот, того, кто ходил тяжело и шумно. Однако здесь есть лингвистическая тонкость: глагол «ботать» обычно имел конкретное значение — «бить боталом (шестом) по воде, загоняя рыбу в сеть». Это возвращает нас к рыболовству, только с другого угла: Бот мог быть не владельцем судна, а тем, кто работал с боталом, то есть загонщиком рыбы. Таким образом, обе версии, при всей их разнице, сходятся в одном — предок носителя фамилии Ботов, скорее всего, был связан с водой и рыбным промыслом.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа «бот» плюс типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Это одна из самых распространённых моделей в русских фамилиях, поэтому датировать её появление сложно — она могла возникнуть в любой период с XV по XIX век. Редкость фамилии Ботов не в её структуре, а в том, что прозвище Бот встречалось нечасто: оно слишком конкретное, профессиональное, а не бытовое. В отличие от фамилий вроде Рыбаков или Кузнецов, которые охватывают целые ремёсла, Ботов привязан к узкому типу судна или орудия труда, что делает её географически и социально более локальной.