Фамилия Ботинов — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит не имя, а прозвище или профессиональное занятие, что сразу отличает её от массы фамилий, образованных от крестильных имён.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Ботинов — это «сын Ботина». А вот имя или прозвище Ботин — ключ к разгадке. Самая прямая версия ведёт к слову «бот» — это и лодка, и вид обуви (сапог, башмак), и даже архитектурный элемент (капитель колонны в виде цветка). В русских говорах «бот» могло означать и болванку для обуви, и просто большую ногу. Соответственно, прозвище Ботин могли дать сутулому («ботиться» — гнуться, горбиться), человеку с большими ступнями или сапожнику, который тачал боты. В этом ряду фамилия Ботинов стоит рядом с родственными Ботов, Ботвин, Боткин.

Интересно, что в некоторых южнорусских и украинских говорах «ботина» — это ботва, стебли растений. Прозвище Ботин мог получить огородник или крестьянин, живший за счёт огородной зелени. Однако эта версия менее вероятна для центральной России, где суффикс -инов (от «ботина») дал бы фамилию Ботинин. Форма Ботинов чётко держится за основу «ботин» в мужском роде.

Фамилия встречается в разных регионах, но заметна в Пермском крае и на Урале, что может указывать на старообрядческие корни или переселенцев из северных областей, где слово «бот» в значении «лодка» было особенно употребительно. Если предок был речником или рыбаком на небольшом судне, прозвище Бот или Ботин закрепилось бы за ним естественно. В любом случае, перед нами прозвищная фамилия, возникшая в народной среде, а не в дворянских кругах.