Фамилия Ботин — одна из тех, где за короткой основой стоит сразу несколько возможных занятий предка. Словообразовательная модель проста: к прозвищу Бота добавили типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Ботин сын»). Прозвище же могли дать по-разному.

Самая прямая версия — от названия обуви «боты», то есть высокие калоши или ботинки. В этом случае Ботой называли сапожника или человека, который торговал обувью. Вторая группа гипотез связывает прозвище с лодкой «бот» или с орудием лова — «боталом». В пермских и вятских говорах боталом называли шест с дощечкой на конце, которым загоняли рыбу в сети. Соответственно, Бота мог быть рыбаком или, реже, тем, кто делал лодки.

Есть и третий вариант — от глагола «ботать». В тамбовских говорах он означал «качать, болтать, колебать», а в новгородских — «топать». Если прозвище пошло отсюда, то Ботой могли прозвать неуклюжего, тяжело ступающего человека или, наоборот, того, кто постоянно суетится, «болтается» без дела. В одном из диалектов «ботало» относилось и к пастушьему инструменту — колотушке или трещотке для сгона скота, так что прозвище могло закрепиться за пастухом.

Из всех версий наиболее убедительна обувная: она не требует диалектных пояснений и понятна на всей территории России. Но в конкретной семье Ботиных предок мог быть и рыбаком, и пастухом — точнее скажет только история конкретного рода.