Фамилия Ботой — редкий пример фамилии, образованной напрямую от личного имени или прозвища, а не от отчества с русскими суффиксами. В этом её главная особенность: она сохранила исходную тюркскую форму без привычных для русского языка окончаний -ов, -ев или -ин.

В основе фамилии лежит тюркское слово «ботой». В киргизском языке у него два связанных значения. Первое — «верблюжонок». Верблюд в Киргизии — животное-кормилец, незаменимый помощник в хозяйстве, поэтому «верблюжонком» могли ласково назвать ребёнка. Второе значение — «смирный, кроткий, скромный, послушный». Прозвище Ботой, скорее всего, давали спокойному и уравновешенному человеку, подчёркивая его характер через образ молодого, ещё не строптивого верблюда.

Фамилия не содержит типичного для тюркских фамилий компонента -оглы (в переводе «сын, потомок»), который широко распространён у турок, гагаузов и азербайджанцев. Отсутствие такого суффикса указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде, где русская административная традиция фиксировала прозвище «как есть» — без дополнительных формантов. Это характерно для народов Центральной Азии, особенно киргизов и казахов, у которых фамилии часто представляют собой просто записанное личное имя или прозвище предка.

Таким образом, носитель фамилии Ботой — потомок человека, которого в своё время прозвали за кроткий нрав «верблюжонком», и это прозвище стало родовым именем, перейдя в официальный документ без изменений.