Фамилия Ботюк — типичный пример восточнославянской модели с суффиксом -юк. Этот суффикс, распространённый в украинской и белорусской ономастике, выполняет ту же роль, что и русский -ов/-ев или -ин: он указывает на родство по отцу или принадлежность. Если Иваненко — «сын Ивана», то Ботюк, по той же логике, означает «сын Ботя» или «потомок Ботя». В основе лежит прозвище или некалендарное имя Ботя.

Что скрывается за этим Ботей? Самая вероятная версия — связь с глаголом «ботать» или существительным «бот». В диалектах «ботать» значит «стучать, колотить», а также «говорить быстро, тараторить». Ботей могли прозвать говорливого, шумного человека или того, кто работал с ботами — так называли лодки-долблёнки. В северных и сибирских говорах «ботало» — колотушка для загона рыбы в сети, а «ботать рыбу» — пугать её стуком. Прозвище Ботя могло закрепиться за рыбаком или лодочником.

Реже основу связывают с личным именем Богдан или Богуслав, где сокращённая форма Ботя возникла усечением. Но это предположение слабее: прямых доказательств бытования такой сокращённой формы в источниках нет.

Географически фамилия Ботюк тяготеет к западным и центральным областям Украины — Волыни, Подолью, Киевщине. В России она встречается редко, в основном среди потомков переселенцев с Украины. Сословной привязки нет: Ботюками могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане. Суффикс -юк не указывает на знатность, в отличие от -ский, а значит, фамилия формировалась в среде свободного сельского населения, где прозвища отца передавались детям без изменений.

Однокоренные фамилии — Ботян, Ботенко, Боталов. Они расходятся по суффиксам, но восходят к той же основе. Если Ботюк — «сын Ботя», то Ботян — просто «Ботя» с другим окончанием, а Боталов — русская адаптация с суффиксом -ов.