Фамилия Ботинова — женская форма фамилии Ботинов, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Сама основа «Ботин» неочевидна на первый взгляд, и тут возможны два основных пути: либо прозвище, либо профессиональное имя.

Самый прямой и логичный вариант — связь с обувью. В старину ботинками называли не только современную обувь, но и разного рода закрытые башмаки, полусапожки. Прозвище Ботинок или Ботин мог получить сапожник, торговец обувью, либо человек, который чем-то выделялся своей обувью — например, носил необычные или дорогие ботинки. Суффикс -ов в фамилии Ботинов — стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «сын Ботина», то есть сын человека по прозвищу Ботин.

Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, — происхождение от древнерусского нецерковного имени Бот. Такие имена давали по названиям растений или предметов. В этом случае Бот — это, возможно, сокращение от имени Богдан или же самостоятельное прозвище, а Ботин — «сын Бота». Однако в исторических документах имя Бот встречается редко, и версия с обувью выглядит убедительнее.

Суффикс -ин в женской форме (Ботинова) не должен смущать: он указывает на принадлежность мужу, то есть «жена Ботинова». Сама фамилия довольно редкая, и её география не привязана к одному региону — носители встречаются и в центральной России, и в Поволжье, и на Урале, что говорит о том, что прозвище Ботин могло возникнуть независимо в разных местах.

Если обратиться к словарю русских фамилий, то Б. Унбегаун в своём труде упоминает фамилии, образованные от названий обуви (Сапогов, Башмаков, Чоботов), и Ботинов органично вписывается в этот ряд. Таким образом, предок современной носительницы фамилии с высокой долей вероятности был сапожником или человеком, чья обувь стала его отличительной чертой.