Фамилия Ботынёва — женская форма фамилии Ботынёв, и её разбор стоит начать с необычного суффикса. В русских фамилиях суффикс -ёв встречается реже, чем привычные -ов или -ев, и почти всегда указывает на то, что основа слова оканчивалась на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — «Ботынь» или «Ботын», но ударение в фамилии падает на последний слог, что и даёт «ё» под ударением. Такая модель образования типична для северных и центральных регионов России, где в говорах сохранялось произношение «ё» на месте этимологического «е» или «о».

Корень фамилии — «Бот-» — может восходить к нескольким источникам. Самая прямая версия: прозвище Ботыня от слова «боты» — так в русских диалектах называли тёплую обувь, галоши или башмаки на толстой подошве. Человек, носивший такую обувь постоянно или занимавшийся её изготовлением, мог получить прозвище Ботыня. В этом случае фамилия тяготеет к ремесленному или бытовому прозвищу, характерному для крестьянского сословия.

Вторая версия, менее очевидная, но лингвистически правдоподобная: основа от глагола «ботать» — в некоторых говорах это означало «стучать, колотить» или, применительно к рыбе, «глушить». Прозвище Ботыня мог получить шумный, резкий в движениях человек или рыбак, пользовавшийся боталом (шестом для глушения рыбы). Эта версия объясняет и твёрдый согласный в корне, и диалектную природу фамилии.

Словообразовательная модель с суффиксом -ёв, а не -ин, указывает, что фамилия образована не от имени на -а/-я, а от прозвища, которое в именительном падеже звучало как Ботынь или Ботень. Встречаются однокоренные фамилии Ботылёв, Ботин, Ботнев — все они восходят к той же диалектной лексике. Географически фамилия Ботынёв (и Ботынёва) чаще всего фиксируется в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — регионах, где слово «боты» и его производные были в ходу, а суффикс -ёв оставался продуктивным.

Сословная принадлежность носителей фамилии — почти наверняка крестьянская. В дворянских родословных книгах фамилия не встречается, а в списках однодворцев и казаков — крайне редко. Это типичная «низовая» фамилия, возникшая в среде, где прозвище давали по предмету быта или занятию, а не по имени предка. В современных справочниках фамилия Ботынёва остаётся малочисленной, что подтверждает её локальное происхождение.