Фамилия Бойбина — женская форма, а мужская, Бойбин, встречается значительно реже. Сразу бросается в глаза редкий суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к отцу или главе семьи: «чей?» — Бойбин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Бойба. Но что стоит за этим прозвищем?

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «бойбить» или «бойбать». В говорах северных и сибирских областей это слово означало «болтать без умолку», «пустословить», «говорить вздор». Человека, который любил поговорить, мог прозвать Бойбой. Суффикс -а в прозвище типичен для экспрессивных, часто пренебрежительных форм: ср. Верзила, Гуляка, Рёва. Фамилия образована по простой и древней модели: прозвище на -а плюс притяжательный суффикс -ин.

Вторая, менее распространённая гипотеза, выводит основу из тюркских языков, где «бой» означает «рост», «высота», «туловище». В этом случае Бойба могло быть прозвищем высокого, статного человека. Однако фонетика здесь сложнее: тюркское «бой» обычно даёт в русских фамилиях формы Боев, Бойков, а не Бойба. Поэтому версия с диалектным глаголом выглядит убедительнее — она объясняет и редкий суффикс, и экспрессивный характер прозвища.

Географически фамилия Бойбина тяготеет к северу европейской части России и к Сибири — как раз к регионам, где фиксировался глагол «бойбить». В центральных областях она почти не встречается. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами: прозвища такого типа редко давали дворянам.

По написанию фамилия устойчива: вариант «Байбина» (с буквой «а» в корне) мог возникнуть под влиянием акающих говоров, но в документах он почти не фиксируется. Встречается также редкая форма Бойбины — во множественном числе, характерная для фамилий на -их/-ых, но это уже другая ветвь.