Фамилия Бойдакова — женская форма фамилии Бойдаков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Бойдак. В основе лежит тюркское слово «бойдак», которое в разных диалектах означает «холостой, неженатый» или «одинокий». В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, это слово прижилось как прозвище для бобыля, человека, не обременённого семьёй, или же для пришлого, одинокого работника. Таким образом, предок носительницы фамилии мог получить прозвище Бойдак из-за своего семейного положения или образа жизни.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Бойдак» добавился притяжательный суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — Бойдаков), а затем женское окончание «-а». Фамилия Бойдакова — не самая распространённая, но её география показательна. Наибольшая концентрация носителей фиксируется в Волгоградской, Ростовской областях и в Краснодарском крае — регионах, где исторически активно пересекались русское и тюркское население, и где прозвища такого типа были особенно ходовыми.

Интересно, что в некоторых старых документах фамилия могла писаться через «а» на конце — Бойдаков, без родового окончания, но в женском варианте закрепилась именно форма Бойдакова. Встречается и вариант с ударением на второй слог: Бойдако́ва, что может указывать на южнорусский говор. Спорных версий происхождения немного: иногда Бойдак связывают с диалектным «бойдать» (шататься, бродить), что только подтверждает ту же семантику одиночества или неприкаянности. Прямых указаний на дворянское происхождение фамилии нет — скорее всего, это крестьянская или казачья фамилия, что соответствует её ареалу.