Фамилия Бойдаковы образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе добавлялся суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бойдака). В центре фамилии — прозвище или нецерковное имя Бойдак. В славянской ономастике такие именования, построенные по той же схеме, широко представлены у восточных, западных и южных народов, что делает фамилию самобытным памятником славянской культуры.

Что означало слово «бойдак»? Самый прямой вариант — от тюркского «бойдак» (холостой, неженатый мужчина). В южнорусских и казачьих говорах так называли одинокого человека, бобыля. Прозвище Бойдак могли дать холостяку, который не обзавёлся семьёй, или, напротив, человеку независимого, свободного нрава. Вторая версия связывает основу с диалектным глаголом «бойдать» — стучать, бить, колотить. Тогда Бойдак — прозвище шумного, резкого человека либо того, кто работал с молотом, например кузнеца. Встречается и толкование от «байдак» — речное плоскодонное судно (байдаки ходили по Днепру и Дону). В этом случае родоначальник мог быть судовладельцем, лодочником или строителем барок.

Фамилия Бойдаков встречается в документах с XVII века. В Переписной книге 1678 года по Курскому уезду упомянут Иван Бойдаков — сын боярский, то есть мелкий служилый землевладелец. Это показывает, что уже тогда фамилия закрепилась в среде служилого сословия. Позже Бойдаковы записаны среди однодворцев (особая категория южнорусских крестьян, близкая к мелкопоместным дворянам) в Воронежской и Тамбовской губерниях. География подсказывает, что ядро фамилии — историческая «украина» Русского государства, где смешивались русские, тюркские и казачьи традиции.

Процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Бойдаков можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Однако уже сейчас ясно: основатель рода получил прозвище на южных рубежах Руси, и его потомки, передавая фамилию из поколения в поколение, по сей день хранят память о происхождении — будь то одинокий казак, мастеровой с молотом или хозяин речной барки.