Фамилия Бойдаков образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ов, который присоединялся к основе прозвища или имени. Суффикс -ов (а также -ев) указывает на принадлежность: Бойдаков буквально означало «сын Бойдака» или «человек из рода Бойдака». Такая модель типична для восточных, западных и южных славян, и в ономастике она встречается повсеместно.

В основе фамилии лежит прозвище Бойдак. Его значение не лежит на поверхности, и здесь возможны две версии. Первая: Бойдак — производное от глагола «бойдать» или «байдать», который в южнорусских и украинских говорах означал «говорить, болтать, калякать». Если так, то прозвище Бойдак могли дать словоохотливому, разговорчивому человеку, любителю поболтать. Вторая версия связывает Бойдак с тюркским корнем «бой» — «богатый, знатный» (отсюда, например, имя Байдак). Однако в этом случае фамилия скорее звучала бы как Байдаков — с буквой «а» в первом слоге. Поскольку в русском языке фамилия закрепилась в форме Бойдаков, первая, славянская версия выглядит убедительнее.

Само прозвище или имя Бойдак могло быть как мирским (языческим), так и производным от имени при крещении. В славянской традиции фамилии нередко возникали от личных прозвищ, которые давались по характеру, поведению или внешности. В данном случае прозвище, скорее всего, отражало особенность речи предка — его болтливость или манеру говорить.

Географически фамилия Бойдаков встречается нечасто, что говорит о её относительно позднем закреплении или локальном бытовании. Основные очаги — южнорусские и украинские области, где был распространён говор с глаголом «бойдать». Это подтверждает и характерное для тех мест окончание -ов, а не, скажем, -енко или -ук. В отличие от фамилий, образованных от канонических имён (Иванов, Петров), Бойдаков — пример «говорящей» фамилии, которая прямо указывает на прозвище, а не на имя святого.

В написании фамилии есть одна тонкость: она не перешла в форму Байдаков, хотя тюркская версия напрашивается. Это и есть тот самый случай, когда народная этимология (от «бойдать») оказывается точнее, чем заимствованная. Если бы предок носителя фамилии был связан с тюркским миром, фамилия, скорее всего, писалась бы иначе. Таким образом, Бойдаков — фамилия с прозрачной славянской основой, за которой стоит живое прозвище, а не книжное имя.