Фамилия Байдаков — типичная русская фамилия, образованная от прозвища или нецерковного имени Байдак с помощью стандартного патронимического суффикса -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: «Байдаков» буквально означает «сын Байдака» или «из рода Байдака».

Основа фамилии — слово «байдак» — имеет два резко разных значения, что и порождает основные версии происхождения. Первое значение — «старинное речное судно с одной мачтой». Такие плоскодонные лодки были распространены на Днепре и его притоках, использовались для перевозки грузов и рыбной ловли. В этом случае прозвище Байдак мог получить хозяин или строитель такого судна, а также опытный рыбак. Эта версия географически привязывает фамилию к южным русским и украинским землям, к зоне днепровского судоходства.

Второе, диалектное, значение слова «байдак» — «озорник, лентяй, бездельник, буян». В народе бытовала поговорка: «У нас, дураков, семь байдаков, и угол не почат», где слово явно имеет ироничный или осуждающий оттенок. Соответственно, прозвище могло закрепиться за человеком с беспокойным или праздным нравом. Выбрать, какая из версий верна для конкретной семьи, без генеалогических изысканий невозможно: обе имеют равное право на существование.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ов присоединился к основе на твёрдый согласный (Байдак- → Байдаков). Это одна из самых распространённых моделей в русской фамильной системе. Сравните с однокоренными фамилиями, которые могли возникнуть в других регионах: Байдаченко (украинский патроним), Байдаковский (польская или шляхетская модель с суффиксом -ский) — все они восходят к тому же прозвищу Байдак.

В исторических документах фамилия встречается с XVII века, в основном в среде казачества и крестьянства юга России. Сословной исключительности у неё нет: Байдаковы были и среди однодворцев, и среди мещан. В современной России фамилия распространена умеренно, без ярко выраженного регионального центра, что говорит о давней утрате связи с исходным прозвищем.