Фамилия Байдаков образована от прозвища Байдак. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «старинное речное судно с одной мачтой». Согласно этому, можно предположить, что Байдаком прозвали рыбака или хозяина судна. Кроме того, слово байдак имело также значение «озорник, лентяй, бездельник, буян». В прошлом была поговорка: «У нас, дураков, семь байдаков, и угол не почат». В таком случае прозвище Байдак отражало особенности характера и поведение предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Байдак, со временем получил фамилию Байдаков.