Фамилия Байдакова — одна из тех, что хранит в себе сразу две, почти противоположные, версии происхождения. В основе лежит прозвище Байдак, которое в старину имело два основных значения. Первое — «старинное речное судно с одной мачтой». Отсюда прямой путь к профессии предка: он мог быть хозяином такого судна или рыбаком, промышлявшим на байдаке. Второе значение — «озорник, лентяй, бездельник, буян». В этом случае прозвище давали по характеру. В народе даже ходила поговорка: «У нас, дураков, семь Байдакова, и угол не почат», что закрепляло за этим прозванием оттенок непутевого, но своего, родного человека.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей потомок?» — Байдаков). Фамилия в своей основе — отчество второго порядка, то есть «сын Байдака» и, соответственно, «внук» или «потомок» человека с таким прозвищем. Форма Байдакова — это женский или, чаще в русской традиции, исходный вариант фамилии, от которого позже образовалась мужская форма Байдаков (в документах XVII–XIX веков женская форма нередко фиксировалась первой как более архаичная).

Какая из двух версий правдоподобнее? Если опираться на географию бытования фамилии, она чаще встречается в южных регионах России и на Украине, где речное судоходство было развито — в бассейнах Дона и Днепра. Это склоняет чашу весов в пользу «речной» версии. Прозвище по ремеслу всегда было более устойчивым и давало меньше поводов для насмешек, чем обидное «озорник», поэтому именно его стоит считать основным. Тем не менее, в отдельных родах Байдаковых прозвище могло закрепиться и по характеру — в зависимости от того, как повелось в конкретной семье.