Фамилия Бойдинов — редкий пример, где прозвищная основа почти наверняка связана с тюркским миром, а вот суффикс — русский, что сразу указывает на процесс обрусения. Корень «бойд-» не встречается в славянских именах или профессиях, зато легко ложится на тюркское «бой» — «рост», «стан», «туловище» или даже «племя». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бойдин — сын Бойды, а -ов в конце (Бойдинов) — уже вторичное оформление по русской модели, характерное для фамилий, записанных в XIX веке, когда окончание -ов стали добавлять к уже готовым именам на -ин.

Самая вероятная версия: исходное личное имя или прозвище Бойда. В тюркских языках «бойда» могло означать «высокий», «длинный» или относиться к человеку с заметной статью. У народов Средней Азии «бой» — еще и «богатство», «состояние», так что прозвище могло намекать на зажиточность или видную внешность. Менее вероятна, но возможна связь с казахским «бойда» — «холостой», «неженатый», однако такое прозвище давали бы молодому парню, а не роду. В любом случае, основа не славянская и не русская.

Фамилия довольно редкая. По географии носителей можно предположить, что предки Бойдиновых жили на стыке русских и тюркских земель — в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье или в Сибири, куда в XVII–XIX веках переселялись татары, башкиры, казахи. Там имя Бойда, попав в русскую среду, получило суффикс -ин, а потом и -ов, чтобы вписаться в официальные списки. Сословно, скорее всего, это были государственные крестьяне или казаки — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В написании фамилии встречается вариант Бойдинов с ударением на второй слог — Бойди́нов, что характерно для тюркских заимствований, где ударение часто падает на последний слог основы. В русском языке ударение может плавать, но исходное прозвище Бойда́ (с ударением на «а») дает фамилию Бойди́нов. Спорных версий тут немного: попытки вывести фамилию от русского «бой» или «бить» — натяжка, потому что суффикс -дин не свойственен русским прозвищам от глаголов. Поэтому тюркское происхождение остается единственным убедительным объяснением.