Фамилия Бойковские — редкий пример, когда географическое прозвище и этноним слились в одной основе. В её центре лежит слово «бойко» — так называли представителей субэтнической группы украинцев, бойков, живущих в Карпатах (современные Львовская, Ивано-Франковская и Закарпатская области). Однако не спешите записывать всех Бойковских в потомки горцев: прозвище Бойко в старину давали не только по происхождению, но и по характеру. В диалектах «бойкий» означало расторопного, ловкого и находчивого человека — того, кто «бьёт» (то есть быстро действует). Так что основа фамилии двойная: либо предок был родом с Бойковщины, либо слыл бойким парнем.

Суффикс -ск(ий) (в украинской традиции — -ський) указывает на дворянское или шляхетское происхождение. Фамилии на -ский в Польше и на украинских землях Речи Посполитой носили в основном владельцы поместий: Бойковский буквально значит «из Бойкова» или «принадлежащий Бойку». Если Бойко — прозвище главы семьи, то его потомки становились Бойковскими, то есть «теми, кто от Бойка». В официальных документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто закреплялись за крестьянами и мещанами, которые переходили на «благородный» суффикс при получении паспортов или воинских списков.

Встречается фамилия в Волынской, Киевской и Подольской губерниях, а также в Галиции. В современной России Бойковские — редкость, чаще всего они сосредоточены на западе страны и в Сибири, куда переселялись в ходе столыпинской реформы. Однокоренные варианты — Бойко, Бойченко, Бойков — гораздо распространённее, но именно форма на -ский сохраняет память о том, что предок либо владел хутором Бойков, либо первым в роду получил фамилию по отцу-Бойку.