Фамилия Бойматов — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать в контексте ономастики народов Средней Азии, в первую очередь узбекского и таджикского языков. Основа «бой» (или «бай») исторически означала «богатый», «господин», «хозяин» — титул, который в тюркской среде давали зажиточным или уважаемым людям. Вторая часть, «мат», восходит к арабскому имени Мат (или Махмуд, Матлуба), но чаще всего это усечённая форма от имени Мухаммад. Таким образом, Бойматов — это фамилия, образованная от личного имени Боймат (буквально «богатый Мухаммад» или «господин Мухаммад»). Суффикс -ов в русской записи — стандартный патронимический показатель, который добавили при русификации документов в XIX–XX веках, закрепив за носителями форму «чей?» — Бойматов.

Интересно, что эта фамилия не встречается в классических русских фамильных словарях (Унбегауна, Никонова), потому что её ареал — не исконно русские земли, а регионы с тюркским населением: Узбекистан, Таджикистан, Киргизия, а также южные области Казахстана. В России она редка и локализована в местах переселения среднеазиатских народов — например, в Оренбургской, Астраханской областях или в Москве. По модели образования фамилия Бойматов стоит в одном ряду с Боймуратов, Бойназаров, Боймирзаев — все они построены по схеме «титул + имя + русифицированный суффикс».

Версия, что «мат» может быть искажённым «мать» (от арабского «смерть») или самостоятельным прозвищем, маловероятна: в тюркской антропонимике имя Мат (Матжон) — распространённый компонент, и сочетание «бой + мат» логично вписывается в традицию давать имена с пожеланием богатства и благословения. Так что предки современных Бойматовых — скорее всего, люди, носившие имя Боймат, которое со временем превратилось в наследственную фамилию. Сословно они могли быть и ремесленниками, и торговцами, и земледельцами — «бай» в имени не обязательно означал реальное богатство, часто это был просто пожелательный элемент, как русское «Богдан».