Фамилия Бойнегри — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не заросло суффиксами и почти не изменилось за века. Это не «Бойнегров» и не «Бойнегрин», а именно Бойнегри — форма, застывшая в именительном падеже множественного числа, что типично для украинских, белорусских и южнорусских фамилий на -и, -ы. Такая модель часто указывает на происхождение от коллективного прозвища семьи или рода: «Бойнегри» — это «те, кого звали Бойнегр».

Основа фамилии — прозвище Бойнегр — составная, и её разбор даёт две версии. Первая, лежащая на поверхности: глагол «бой» (бить, сражаться) и «негр». Звучит экзотично, но в русских говорах слово «негр» могло относиться не к африканцу, а к человеку с очень тёмной кожей, смуглому, черноволосому — в крестьянской среде такое прозвище давали за внешность. Соответственно, Бойнегр — тот, кто «бьёт негра», то есть одолевает самого чернявого, или же прозвище с оттенком бравады, вроде «победитель черномазого». Версия правдоподобна, но сомнительна из-за редкости слова «негр» в старой деревне.

Вторая версия надёжнее: в основе лежит тюркское или кавказское имя Бойнаг (Бойнак, Бойнек), которое в русской записи могло превратиться в «Бойнегр» через переосмысление. У тюркских народов «бой» — рост, стать, «наг» (нак) — суффикс обладания; имя Бойнаг означало «рослый», «видный». В русском языке это непонятное имя «дополнили» до знакомого слова «негр» — так работала народная этимология. Фамилия Бойнегри, скорее всего, оформилась в среде казачества или крестьян юга России, где контакты с тюрками и кавказцами были обычны, а прозвища — метки и ярки. Предок мог быть черкесом, татарином или просто смуглым рослым человеком, которого так прозвали соседи, а позже прозвище закрепилось за всем родом.