Фамилия Божаткина хранит память о семейной роли, которая в старину считалась едва ли не важнее кровного родства. В её основе — прозвище Божатка, которым в русских говорах называли крестную мать. Слово это родственно «божатко» (крёстный отец) и образовано от «бог» с ласкательным суффиксом: в народном сознании восприемники при крещении становились духовными родителями, а их молитва считалась самой сильной — «со дна моря поднимет, отмолит любой грех».

Модель фамилии типична для восточнославянской антропонимии: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын (или дочь) Божатки». Такие фамилии чаще всего возникали в среде, где прозвище прочно закреплялось за человеком и переходило к детям без изменений. Примечательно, что исходное слово «божатка» — женского рода, но прозвище могли дать и мужчине: например, если он воспитывался крёстными или сам выполнял роль восприемника, а также если это была ироничная характеристика — слишком мягкого или набожного человека.

В быту божатки не только молились за крестников, но и учили их грамоте, ремёслам — прясть, шить, косить, работать с деревом. Поэтому прозвище могло закрепиться за человеком, которого вырастили и обучили именно крестные родители, а не родные. Со временем именование Божатка стало фамильным, и потомки получили фамилию Божаткины.

Среди известных носителей — Михаил Иванович Божаткин, член Союза журналистов и Союза писателей Украины. Фамилия встречается преимущественно в южнорусских и украинских регионах, где слово «божатка» было в ходу дольше, чем на севере. В написании возможны варианты с одной «т» (Божакина), но форма Божаткина точнее передаёт исходное прозвище.