Фамилия Божия — редкий случай, когда церковнославянское слово стало прозвищем, а затем и родовым именем. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от канонических имён (Иванов, Петров) или профессий, Божия напрямую отсылает к понятию «божественный», «относящийся к Богу». Такое прозвище в XVI–XVII веках могли дать человеку набожному, церковному служке, а иногда — иронично, с намёком на внешнюю показную святость.

Словообразовательная модель здесь необычна. Фамилия застыла в форме краткого прилагательного женского рода (как Благая, Святая), что типично для украинских и южнорусских говоров, где фамилии на -яя, -ая нередко переходили в разряд неизменяемых. В официальных документах XIX века встречаются варианты написания: Божія (дореформенное), Божия, реже Божья. Суффикс -иj- в основе указывает на принадлежность: «Божия» буквально значит «Божья», то есть «человек, отмеченный Богом».

Географически фамилия привязана к югу России и Украине. В метрических книгах Курской, Харьковской и Воронежской губерний Божии встречаются среди крестьян и мещан. На севере и в центральной России фамилия почти не фиксируется — там предпочитали формы Божков, Божев, Божедаров.

Спорный момент: некоторые исследователи выводят Божия не от религиозного понятия, а от древнерусского прозвища Божа — так могли называть человека, родившегося в день Богоявления или получившего имя Боголеп (Боголепъ). Однако эта версия слабее: прозвище Божа дало бы фамилию Божин или Божев, а не Божия. Правдоподобнее, что перед нами прямое переосмысление слова «божий» в значении «блаженный», «юродивый» — в народной среде таких людей нередко звали Божьими человеками.

В дореволюционных списках фамилия Божия могла принадлежать и выходцам из духовного сословия: семинаристам при поступлении нередко давали «говорящие» фамилии по церковным праздникам или атрибутам веры. Но в отличие от фамилий Рождественский или Успенский, Божия слишком проста для искусственного семинарского творчества — скорее, это народное прозвище, которое позже закрепили в документах.