Фамилия Божнко — редкий случай, когда на слух она звучит почти как «Боженко», но пишется без буквы «е» после «ж». Это не опечатка, а самостоятельная словообразовательная модель. Суффикс «-нко» характерен для украинских и южнорусских фамилий, где он часто заменял более привычный великорусский «-ов». Если бы фамилия была «Боженко», её основу (Божен-) можно было бы связать с именем Богдан (богом данный) или с уменьшительной формой от «божий». Но в случае «Божнко» корень короче — «Бож-». Это значит, что фамилию могли образовать напрямую от прозвища Бож. В старину Божом или Божей называли человека, который отличался набожностью, кротостью, или, наоборот, того, кто часто поминал Бога всуе — в зависимости от контекста. Иногда так могли прозвать священнослужителя или человека, жившего при церкви.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: основа могла быть заимствована из польского или белорусского, где слово «boż» означало «божок» или «идол». В этом случае прозвище Бож могло относиться к языческому прошлому, но для XVII–XIX веков, когда фамилии закреплялись, это уже анахронизм.

По географии фамилия Божнко встречается крайне редко, в основном в Черниговской и Полтавской областях, что подтверждает её украинское происхождение. Носители, скорее всего, были крестьянами или казаками, так как суффикс «-нко» в малороссийской среде был массовым именно среди непривилегированных сословий. В отличие от фамилии Боженко, которая может иметь параллельное происхождение от имени Богдан, Божнко — более архаичная и прямая форма, где прозвище не смягчалось уменьшительным суффиксом. Это редкий пример, когда фамилия сохранила исходный, почти обнажённый корень без лишних наращений.