Фамилия Божухина — женская форма фамилии Божухин, и её происхождение стоит искать не в очевидном корне «бож-» (от слова «бог»), а в более прозаичной и редкой основе. Разберёмся по порядку.

Самая вероятная версия — прозвищное происхождение от слова «божуха». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «божухой» могли называть богомольную, набожную женщину, а иногда — икону или божницу. Соответственно, Божуха — это прозвище либо очень религиозного человека, либо того, кто жил рядом с часовней или держал много икон. Фамилия образована по типичной модели: прозвище на -а → притяжательное прилагательное с суффиксом -ин («чей?» — Божухин сын) → фамилия Божухин.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где основой служило слово женского рода или прозвище на -а/-я. Это характерно для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге. Если бы основа была от мужского имени Божух (гипотетическая форма от Богдан или Божен), то фамилия звучала бы как Божухов, но мы видим именно -ин, что склоняет чашу весов к женскому прозвищу.

Менее убедительная версия — связь с диалектным «божуха» в значении «родственница по божеству» или «жрица» (в языческом контексте). Такие значения не фиксируются в авторитетных источниках по русской ономастике (например, в работах Б. Унбегауна или В. Никонова), и их стоит отнести к народной этимологии.

Встречаемость фамилии Божухина невысока, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, она закрепилась в одном или нескольких сёлах, где прозвище Божуха было на слуху. Носители фамилии — потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по характерной черте предка: чрезмерной набожности, службе при церкви или просто по прозвищу, данному в насмешку или с уважением.

Таким образом, Божухина — фамилия, корни которой лежат в народной речи, а не в церковных канонах. Её основа — живое слово, описывавшее человека через его отношение к вере, и это делает её более редкой и колоритной, чем фамилии от канонических имён.