Фамилия Бракунов — один из тех случаев, где на первый взгляд очевидная версия оказывается не единственной и не всегда верной. Самое простое объяснение лежит на поверхности: прозвище Брак, Бракун мог получить человек, чья работа была связана с отбраковкой товара — на мануфактуре, в ремесленной артели или на заводе. «Браковать» — значит отсеивать негодное, и человек, выполнявший эту роль, получал прозвище по действию. Однако в русских говорах слово «брак» имело и другое, куда более неожиданное значение. В ряде регионов, особенно на севере и в Сибири, «браком» называли... свадьбу. Соответственно, «бракун» мог быть свадебным чином, распорядителем или просто человеком, который «брачился», то есть вступал в брак. Эта версия менее растиражирована, но с точки зрения исторической лексики она не менее весома.

Словообразовательная модель здесь простая: основа на твёрдый согласный — «бракун» — плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Фамилия указывает на сына или потомка человека по прозвищу Бракун. Форма на -ов характерна для центральных и северных губерний России и закрепилась в основной массе русских фамилий к XVII–XVIII векам.

Географически фамилия Бракунов встречается не слишком часто, но имеет отчётливый след в Поволжье и на Урале. В документах переписей XVIII века встречаются крестьяне и мастеровые с таким прозвищем, что хорошо ложится на обе версии: и на «отбраковщика» (на уральских заводах брак был частью производства), и на «свадебного» (в крестьянской среде). Второе значение — «свадебный чин» — могло быть особенно актуально в среде старообрядцев, где брачные обряды имели свою строгую терминологию.

Спор между двумя версиями решается просто: обе имеют право на жизнь, но прозвище по профессии или занятию («браковщик») встречается в источниках чаще, чем прозвище от обряда. Однако полностью исключать «свадебную» версию нельзя — в ономастике нередки случаи, когда редкое диалектное слово сохранилось только в фамилии.