Фамилия Бракунова — женская форма, но в основе лежит мужская фамилия Бракунов. Её происхождение неочевидно, и здесь есть простор для версий, но одна из них выглядит убедительнее остальных.

Самое вероятное объяснение — связь с глаголом «браковать», то есть отбраковывать, признавать негодным. В таком случае прозвище Брак или Бракун мог получить человек, который занимался отбором товара: например, на мануфактуре или при торговле зерном, лесом, скотом. Это своего рода «контролёр качества» в старом понимании. Прозвища, образованные от профессий, — один из самых распространённых источников русских фамилий.

Менее вероятная, но возможная версия — от слова «брак» в значении «супружество». Однако в русской ономастике прозвища по семейному положению встречаются реже и обычно имеют другую словообразовательную модель (например, Женатый, Холостяк). Суффикс -ун в основе Бракун указывает скорее на деятеля, человека, совершающего действие («бракующий»), а не на состояние.

Суффикс -ов в фамилии Бракунов — типичный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Бракуна». Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где профессиональные прозвища были обычным делом. Географически фамилия редкая, встречается точечно — это косвенно подтверждает её позднее закрепление или локальное бытование.

В ономастических справочниках фамилия Бракунов не относится к числу подробно описанных, но её разбор по модели «основа глагола + -ун + -ов» вполне укладывается в типичные схемы русских фамилий, образованных от прозвищ по действию.