Фамилия Брачунов — редкая и неочевидная. Её основа «брач-» сбивает с толку: хочется связать со словом «брак» (супружество) или «бракованный». Но в русских фамилиях, особенно старых, такие прямые ассоциации редко работают. Скорее всего, перед нами отчество от прозвища, образованного от глагола «брачить» или диалектного слова.

В говорах русского севера и Сибири слово «брач» или «бракун» означало того, кто бракует — отбраковывает негодное, отбирает лучшее. В крестьянской среде так могли прозвать придирчивого хозяина, знатока в ремесле или торговца, который строго оценивал товар. Другая, менее вероятная версия — от «брачиться» (ссориться, браниться): тогда прозвище Брачун дали бы сварливому человеку. Третья гипотеза, которую можно отмести сразу, — связь с церковным таинством брака: фамилий от «брак» в этом значении в русской ономастике практически нет.

Суффикс -ун- в основе (Брач-ун) типичен для прозвищ, характеризующих человека по действию: говорун, ворчун, крикун. Затем к прозвищу Брачун добавился стандартный патронимический суффикс -ов, образовав фамилию сына: «чей?» — Брачунов. Модель простая и распространённая, что указывает на позднее (XVII–XIX века) оформление фамилии в крестьянской или мещанской среде.

Географически фамилия привязана к северным и центральным губерниям России — Архангельской, Вологодской, Костромской. Встречается она редко, что делает её ценной для локальной генеалогии: предки Брачуновых, вероятно, были государственными или помещичьими крестьянами, а прозвище уходило корнями в бытовую хозяйственную жизнь. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно, как и знаменитых носителей — это фамилия «из народа», сохранившая память о простом, но метком прозвище.