Фамилия Брачун — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, образованное от южнославянского или западноукраинского слова. Сразу бросается в глаза нехарактерный для русских фамилий суффикс -ун. В русском языке этот суффикс обычно образует названия деятелей (бегун, ворчун, говорун), причём часто с оттенком многократности или постоянства действия. Если применить эту модель к корню «брач», получаем человека, который постоянно «брачится» — то есть занимается неким действием, связанным со словом «брак».

Здесь и возникает главная развилка. Слово «брак» в русском языке имеет два значения: супружество и изъян, порча. Версия с «браком-супружеством» кажется натянутой: «брачун» могло бы означать «сват» или «жених», но такая модель не типична. Куда логичнее связать фамилию с «браком-изъяном» или, что ещё вероятнее, с глаголом «брачить» в диалектном значении «отбраковывать», «выбирать плохое». Тогда Брачун — это человек, который занимался отбраковкой товара, браковщик. Такая профессия была востребована в ремесленных и торговых артелях, особенно на юге России и Украины, где фамилия и встречается чаще всего.

Другая, более экзотическая версия выводит фамилию из польского или украинского «брати» (брать) с тем же суффиксом деятеля. В таком случае Брачун — «тот, кто берёт», то есть сборщик, взиматель. Но эта гипотеза слабее: в польском и украинском для такого значения обычно использовались суффиксы -ач или -ец, а не -ун.

Окончание -ун в фамилии — маркер того, что она могла закрепиться не в центральной России, а на территориях, где смешивались русские, украинские и польские диалектные традиции. В современных базах данных Брачуны встречаются в Краснодарском крае, Ростовской области и на Украине — это подтверждает южное происхождение. Сословно фамилия не элитарная: скорее всего, её носили крестьяне или ремесленники, получившие прозвище по работе или характерному действию.