Фамилия Брачунова — женская форма, образованная от мужской фамилии Брачунов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Брачун. Словообразовательная модель проста: к основе Брачун добавили патронимический суффикс -ов, а затем — окончание -а, указывающее на принадлежность женщине. Такая модель — одна из самых распространённых в русской ономастике, она характерна для фамилий, возникших в центральных и северных регионах России.

Корень «брач-» неоднозначен и допускает несколько толкований. Самая прямая версия связывает его с глаголом «брачить» — в некоторых говорах это означало «браковать», «отбраковывать», «признавать негодным». В таком случае Брачун — прозвище придирчивого человека, который всё оценивает и отсеивает плохое. Менее очевидная, но лингвистически возможная гипотеза отсылает к слову «брак» в значении «супружество». Тогда Брачун мог получить прозвище как удачливый жених или, наоборот, как человек, имевший отношение к свадебным обрядам.

Нельзя исключать и связь с диалектным словом «брачун» — так в некоторых южнорусских областях называли шумного, крикливого человека. Если принять эту версию, фамилия указывает на особенность поведения предка.

Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Брачунова, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). В данном случае мы имеем дело именно с прозвищной основой, а не с крестильным именем — в святцах имени Брачун нет.

Фамилия Брачунова — редкая, она не встречается в массовых списках распространённых русских фамилий. Это говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких близких семей, а не из разных родов, случайно получивших одинаковое прозвище. Географически фамилия тяготеет к югу России — именно там зафиксированы основные случаи бытования корня «брач-» в живой речи.