Фамилия Брагунова — женская форма фамилии Брагунов, и её происхождение не так очевидно, как может показаться на первый взгляд. В основе лежит прозвище или мирское имя Брагун, которое, скорее всего, связано с глаголом «брагунить» — то есть варить или пить брагу, хмельной напиток. В русских говорах так могли называть либо любителя браги, либо самого пивовара, бражника. Слово «брага» общеславянское, и фамилии с корнем «браг-» встречаются в разных регионах, но именно форма Брагунов — с суффиксом -ун — указывает на деятеля: бражник, тот, кто занимается этим делом. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен.

Есть и другая, менее распространённая версия: в некоторых диалектах «брагуном» называли шумного, крикливого человека — от слова «брага» в значении «шум, гам». Однако эта гипотеза слабее, так как основное значение слова в языке устойчиво связано с напитком. Ономасты, в частности Б. Унбегаун, в своих работах по русским фамилиям отмечают, что модели с -ун (-ун-ов) типичны для прозвищ по действию или занятию: говорун, драчун, плясун. Брагун — из того же ряда.

Интересная деталь: фамилия Брагунов (и Брагунова) почти не встречается в центральных губерниях России, зато заметна в северных и поволжских областях — в Архангельской, Вологодской, Костромской, а также в Сибири, куда переселенцы принесли свои прозвища. В этих местах брагу варили часто, и прозвище могло быть не обидным, а профессиональным или бытовым. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или посадская: дворяне с такой фамилией не фиксируются в родословных книгах, что тоже косвенно подтверждает её народное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Брагин, Бражников, Брага — то Брагунова выделяется именно суффиксом деятеля. Брагин, например, образован напрямую от слова «брага» (чей? — Брагин), а Брагунов — от лица, с ним связанного. Носительница фамилии может быть уверена: её предок, скорее всего, был либо пивоваром, либо человеком, известным своим пристрастием к хмельному, и прозвище это закрепилось за родом много поколений назад.