Фамилия Брагун — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она не связана напрямую с известным пивом «Брагуном» (это современный бренд), хотя лингвистически корень один. В основе лежит древнее славянское слово «брага» — хмельной напиток, домашнее пиво. Соответственно, Брагуном могли прозвать либо любителя этого напитка, либо, что вероятнее, человека, который его варил и продавал. Прозвище «Брагун» или «Бражник» в старину давали пивоварам и корчмарям, и оно вполне могло закрепиться как фамильное.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. В русских фамилиях чаще встречается суффикс -ов (Брагунов), который превращает прозвище в фамилию. Форма Брагун — это «окаменевшее» прозвище, которое так и осталось в именительном падеже, без прибавления суффикса принадлежности. Такие «неоформленные» фамилии характерны для украинской, белорусской и южнорусской традиции. Например, на Украине или в казачьей среде человека могли записать просто по прозвищу — Брагун, и оно передавалось детям без изменений.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «брагун» — это не человек, а предмет: так могли называть большой чан или кадушку для варки браги. В этом случае фамилия образована от названия предмета быта, а прозвище получил мастер, делавший такие кадушки, или просто владелец крупной посудины. Однако первое толкование — от ремесла пивовара — кажется более естественным для прозвища человека.

Географически фамилия встречается разрозненно, но с заметным тяготением к западу и югу России: её фиксируют в старых списках Черниговской, Полтавской губерний, а также на Кубани. Это косвенно подтверждает украинско-белорусский путь её оформления. Фамилия не была дворянской или широко распространённой — она осталась в крестьянской и казачьей среде, где прозвища нередко переходили в фамилии в самой простой, несокращённой форме.