Фамилия Брацене звучит непривычно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Окончание -ене указывает на литовские или латышские корни. В балтийских языках суффикс -ene (или -ене в русской передаче) образует женские фамилии от мужских. Проще говоря, Брацене — это форма женской фамилии, а её мужской вариант, скорее всего, звучал как Брацас или Брацюс. В Литве и Латвии такая модель сохранилась до сих пор: мужчина Брацас, его жена или дочь — Брацене.

Основа фамилии — «брац-» — уводит нас в историю прозвищ. Скорее всего, в её основе лежит литовское слово bratis или bracis, что означает «брат» или «братец». Такое прозвище могли дать близкому другу, побратиму или просто человеку, который часто обращался ко всем «брат». В русском языке есть похожая фамилия Братов, но Брацене — явление другого языкового ареала.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным словом «брацать» (звенеть, бренчать) или «браца» (побрякушка). В этом случае прозвище мог получить музыкант, кузнец или человек, любивший носить украшения. Однако для фамилии, уходящей корнями в Прибалтику, «братская» версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Брацене почти не встречается в центральной России. Её носители — это, как правило, потомки литовцев или латышей, которые жили на территории бывшей Российской империи, особенно в западных губерниях (Ковенской, Виленской, Курляндской). После присоединения этих земель к России в конце XVIII — начале XIX века балтийские фамилии вошли в общий обиход, но сохранили свою грамматическую форму.

С социальной точки зрения, Брацене не указывает на дворянство или духовенство. Это фамилия крестьянского или мещанского сословия, образованная от бытового прозвища. В метрических книгах XIX века такую фамилию могли записать по-разному: Брацене, Брацень, а иногда и русифицировать до Браценко или Брацов, если переписчик не знал балтийских правил.