Фамилия Брайнин — одна из тех русских фамилий, которые при ближайшем рассмотрении оказываются не такими уж и русскими по корню. Её основа — прозвище Брайна, которое восходит к немецкому прилагательному braun, то есть «коричневый». В немецком это слово покрывает широкую гамму оттенков: кофейный, бурый, ореховый, даже искрасна-черноватый. Соответственно, прозвище Брайна, скорее всего, дали человеку по внешности — за каштановый цвет волос или смуглую кожу.

По словообразовательной модели фамилия типична для восточнославянского ареала: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Брайнин буквально означал «сын Брайны» или «человек из рода Брайны». Однако сам корень выдаёт нерусское происхождение. Такие фамилии на -ин от немецких основ встречаются в среде, где был активен контакт с немецкоязычным населением — например, у евреев-ашкеназов, живших в черте оседлости. Именно в еврейской среде бытовали фамилии, образованные от немецких слов: Вейценбаум («пшеничное дерево»), Зауэрштром («кислый поток»), Левенфиш («рыба-лев»), Цигенбаум («козье дерево»), Квечман («высказываться неохотно»). Брайнин стоит в том же ряду.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде немецких колонистов, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Россию, но в таком случае ожидалась бы форма Браун или Браунов, а не Брайнин. Вариант с суффиксом -ин и мягким «н» в основе скорее говорит о том, что прозвище бытовало в русскоязычной среде, но получило его носитель с немецкой или идишской речью. В идише brаun произносится близко к «брайн», что и дало русскую передачу.

Таким образом, фамилия Брайнин — это пример того, как немецкое слово, пройдя через прозвище и русскую модель фамилии, закрепилось как еврейская фамилия с чёткой внешностной характеристикой. Никакого сложного сословного подтекста или географической привязки здесь нет: основная версия — прозвище по цвету волос или кожи, и она же — самая правдоподобная.