Фамилия Брехаря звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её происхождение, скорее всего, не великорусское, а украинское или белорусское. В пользу этого говорит характерный суффикс -я, который в восточнославянских языках часто оформлял прозвища и фамилии, указывая на действие или характер человека (сравните: «гуляка», «растяпа»). В официальных документах Российской империи такие формы нередко русифицировали, добавляя окончание -ов/-ев, но на юго-западе страны они закрепились в исходном виде.

Основа фамилии — «брех-», которая в украинском и белорусском языках означает «ложь», «враньё». Глагол «брехать» в этих языках значит «лгать», а не «лаять», как в русском. Таким образом, Брехаря — это прозвище, которое дали человеку с репутацией вруна или хвастуна. Прямых указаний на сословие носителя нет: прозвище могло закрепиться и за крестьянином, и за казаком. В среде запорожских казаков, где ценилась острая шутка и меткое слово, подобные «говорящие» прозвища были особенно распространены.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию с румынским или молдавским словом «brehar» — так называли пчеловода, человека, который разводит пчёл. В этом случае фамилия указывала бы на ремесло, а не на черту характера. Однако в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) для фамилий с корнем «брех-» основным значением считается именно «лжец». Географически фамилия Брехаря чаще всего встречается в западных областях Украины и в приграничных районах Беларуси, что подтверждает её западнорусское происхождение.

Словообразовательная модель проста: к глагольной основе «бреха-» добавлен суффикс действующего лица -р- (как в словах «токарь», «писарь»), затем окончание -я. Получается «брехарь» — тот, кто брешет, лжёт. В украинском языке есть и слово «брехар» (лжец), поэтому фамилия могла возникнуть и как прямое именование по занятию — «брехун». Таким образом, предок нынешних носителей фамилии, скорее всего, был человеком, за которым закрепилась слава обманщика или рассказчика небылиц.