Фамилия Бубинец — одна из тех, где на первый план выходит не имя или профессия, а прозвище, причём звуковое, почти звукоподражательное. Корень здесь — «буб-», который в славянских языках связан с глаголами «бубнить», «бубнить» (бормотать, говорить невнятно или монотонно), а также со словом «бубен» — ударный музыкальный инструмент. Исходное прозвище Бубенец или Бубинец могли дать человеку по двум разным причинам: либо за манеру говорить — неразборчиво, себе под нос, либо за шумный, громкий нрав, когда человек «гремит, как бубен». В обоих случаях прозвище было ярким и цепким.

Суффикс «-ец» в фамилии Бубинец указывает на географическую или социальную модель образования. В русской ономастике суффикс «-ец» часто оформлял прозвища и фамилии по принципу «сын такого-то» или «житель такой-то местности», но в данном случае он присоединён к основе «бубин-» (от «бубен» или «бубня»). Это характерно для западных и южных русских говоров, а также для украинской и белорусской традиции, где фамилии на «-ец» встречаются чаще, чем на севере России. Таким образом, фамилия Бубинец могла сформироваться на территории современной Украины, Беларуси или в южнорусских областях (Курская, Воронежская, Ростовская губернии).

Интересно, что фамилия Бубинец — редкая. В отличие от массовых Бубиных или Бубновых, она сохранила старую прозвищную форму, не перешедшую в патроним на «-ов». Это говорит о том, что в момент закрепления фамилии (XVII–XIX века) носитель прозвища жил в среде, где была сильна традиция прозвищных фамилий без притяжательного суффикса. Скорее всего, предок Бубинца был крестьянином или ремесленником, а не дворянином — среди дворянских фамилий такая модель почти не встречается.

Есть и более прозаическая версия: в некоторых говорах «бубинец» — это небольшой бубенчик, колокольчик, который вешали на шею скоту или на дугу лошади. Тогда прозвище мог получить человек, который торговал такими бубенцами, изготавливал их или просто владел лошадью с колокольчиком. В любом случае, основа фамилии — бытовая, живая, без книжного налёта.

Написание фамилии устойчиво: Бубинец, с буквой «и» в корне, без чередования с «ы». Вариант Бубенец встречается, но реже и обычно считается диалектным. Фамилия не имеет отношения к еврейским фамилиям на «-ец», так как основа «буб-» чисто славянская и связана с русским или украинским просторечием.