Фамилия Бубновайте — редкий для русского слуха пример литовской фамилии, которую записывали по русским документам. Её окончание -айте (в оригинале -aitė) указывает на незамужнюю женщину или дочь: это типичный литовский матримониальный суффикс, который в XIX — начале XX века активно использовали в метрических книгах и ревизских сказках. Мужской вариант той же фамилии звучал бы как Бубновайтис (Bubnavičius), а по-простому, без «обрусения» — Bubnaitis.

Основа фамилии — литовское слово bubnas, то есть «барабан». Бубновайте — буквально «дочь Бубнаса» или «дочь барабанщика». Прозвище Бубнас мог получить человек, который бил в барабан, например, на ярмарках или в войске, либо же тот, кто был шумным и громогласным. В литовской ономастике такие прозвища по инструменту не редкость, параллели — Смилга (смычок), Варна (ворона, как голосистая птица).

Фамилия бытовала в северо-западных губерниях Российской империи — Ковенской, Сувалкской, Виленской. После Первой мировой войны, когда Литва стала независимой, многие носители таких фамилий перешли на литовское написание без русских окончаний. Если Бубновайте встречается сегодня в России или Беларуси, это, скорее всего, потомки тех, кто остался на территории бывших польско-литовских земель после изменения границ.

Любопытно, что в литовских документах фамилия могла записываться как Bubnaitytė — это более точная женская форма, а Бубновайте — это уже адаптация под русскую канцелярию, где суффикс -aitė заменяли на -айте, чтобы звучало «по-славянски». Так что это не столько фамилия в привычном русском понимании, сколько исторический след литовского рода, где прозвище по профессии или характеру закрепилось за потомками.