Фамилия Бубырев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с диалектной лексикой, а не с крестильным именем. Корень здесь — «бубырь» (или «бубыр»). В русских говорах, особенно южных и западных, это слово имело два основных значения. Первое — «водяной пузырь», «волдырь» или «шишка». Второе, более обидное — «небольшой, толстый, неуклюжий человек», иногда с оттенком «пустомеля» или «ворчун». Скорее всего, именно это прозвище и получил родоначальник фамилии — за внешность или характер.

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Бубырев — «сын Бубыря». Если бы основой было слово на -а (Бубыра), фамилия звучала бы как Бубырин, но этого не произошло. Форма на -ев здесь закономерна: в древнерусском мягкий знак на конце прозвища (Бубырь) притягивал суффикс -ев, а не -ов.

В ономастике есть и другая, менее вероятная версия: связь с названием рыбы «бычок-бубырь» (мелкая бычковая рыба). Однако в прозвищах людей такая зоологическая конкретика встречается реже, чем метафора внешности или поведения. Поэтому первое объяснение — через диалектное «бубырь» в значении «толстяк» или «ворчун» — выглядит убедительнее.

Фамилия географически привязана к южнорусским и, возможно, украинским территориям. Встречается она нечасто, что типично для прозвищных фамилий, не образованных от популярных церковных имён. Сословный состав носителей был смешанным: среди Бубыревых встречались и крестьяне, и мещане, а в более позднее время — и духовенство (редкие случаи, когда прозвище давали в семинарии по внешнему виду).

Любопытно, что фамилия сохранила исходный корень почти без изменений, не превратившись в более благозвучные варианты вроде Бубырёв или Бубыров. Это говорит о том, что прозвище было устойчивым и не воспринималось как оскорбительное — скорее как характерная, запоминающаяся черта.