Фамилия Бугонов образована от прозвища или нецерковного имени Бугон. В русских говорах слово «буга» или «бугонь» имело несколько значений, и, чтобы понять, кем был первый Бугонов, нужно разобраться в этих смыслах.

Самая вероятная версия связывает основу с диалектным «буга» — так в южных и западных регионах России называли высокую травянистую кочку, бугор на болоте или сыром лугу. Прозвище Бугон могли дать человеку невысокому и плотному, коренастому, с широкой фигурой — «как кочка». В этом же ряду стоят фамилии Бугров, Бугорков, Бугрин, но Бугонов отличается суффиксом, что может указывать на иной регион бытования или на вариант исходного прозвища.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: в архангельских и вологодских говорах «бугонить» значило «гнуть, клонить, наклонять». Тогда Бугон — прозвище человека, который ходил сгорбившись, сутулился. В пользу этой версии говорит то, что фамилия встречается не только на юге, но и на Русском Севере, в Вологодской и Архангельской областях.

Третья версия, совсем редкая, допускает связь с тюркским корнем «буга» — «бык». Но для фамилии Бугонов это маловероятно: тюркские основы обычно дают фамилии с другим оформлением (Бугаев, Бугаков), и следов татарского влияния в географии Бугоновых почти нет.

Фамилия образована по стандартной модели: основа Бугон + патронимический суффикс -ов, означающий «сын Бугонов» или «принадлежащий Бугону». Встречается в основном в центральных и северных областях России, а также в Сибири, куда её могли занести переселенцы. Среди дворянства Бугоновы не числятся — это крестьянская или мещанская фамилия, и её носители в большинстве своём были земледельцами или ремесленниками.