Фамилия Бугунов встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её по составу: основа «Бугун» и патронимический суффикс «-ов», который в русских фамилиях означает «сын» или «потомок» человека по имени или прозвищу Бугун.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них слово «бугун» или «бугунь» может означать «сегодня» или «нынешний». Вряд ли предка назвали просто «сегодняшним» — скорее, это было прозвище, данное человеку, который родился в необычный день, например, в день какого-то важного события, или же это была шутливая характеристика нетерпеливого, «сегодняшнего» человека. В тюркской ономастике такие «временные» прозвища встречаются, хотя и не массово.

Вторая, менее распространённая гипотеза, выводит фамилию из калмыцкого или монгольского «буг» — «олень», с добавлением уменьшительного суффикса «-ун». Тогда Бугун могло быть ласковым прозвищем — «оленёнок», или же именем, данным по тотему. Эта версия подкрепляется географией: фамилия Бугунов встречается в Астраханской области, Калмыкии и на юге России, где исторически были сильны калмыцкие и тюркские влияния.

Морфологически фамилия образована по классической русской модели: к основе добавили суффикс «-ов», что говорит о том, что носитель фамилии — потомок человека по имени или прозвищу Бугун. Интересно, что в русских говорах есть слово «бугуня» — так могли называть ворчуна или угрюмого человека, но это значение локально и вряд ли стало основой для фамилии, так как не объясняет форму «Бугунов» без смягчения.

Сословное происхождение фамилии не определено: она могла возникнуть как у крестьян, так и у служилых людей, особенно в южных регионах, где смешивались русские, татары и калмыки. В архивных записях XVII–XVIII веков фамилия почти не встречается, что говорит о её относительно позднем закреплении или малой численности рода.

Таким образом, скорее всего, предок носителя фамилии Бугунов получил тюркское прозвище Бугун, которое затем закрепилось в русской форме с суффиксом «-ов». География бытования указывает на юг России, где тюркские и монгольские корни — обычное дело.