Фамилия Бугунков — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянского, а тюркского происхождения, но оформлена по русской модели. Если отбросить суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Бугунка), то в центре оказывается личное или прозвищное имя Бугунок. Это уменьшительная форма от тюркского имени или прозвища Бугун.

В тюркских языках слово «бугун» имеет несколько значений, но наиболее вероятное для антропонимии — «сегодня» или «сегодняшний». В переносном смысле такое имя могли дать ребёнку, родившемуся сегодня (то есть недавно, «свежему»), либо человеку, который живёт одним днём, не загадывает на завтра. В некоторых тюркских диалектах «бугун» также означает «сустав» или «колено», но прозвище по части тела в качестве фамильной основы встречается реже, чем временное или календарное имя.

Модель образования типична для южнорусских и казачьих фамилий, возникших в зоне активных контактов с тюркским населением: на Дону, Кубани, в Поволжье. Суффикс -ок в основе (Бугунок) — это уменьшительно-ласкательный формант, который в русской среде адаптировал тюркское имя под привычное звучание. То есть сначала тюркское прозвище Бугун превратилось в Бугунок (как «сын» или «маленький Бугун»), а затем к нему добавили фамильный суффикс -ов.

Другие версии менее убедительны. Связывать фамилию с глаголом «бугункать» (говорить невнятно) — натяжка, так как такого слова в литературном русском языке нет, а диалектные формы не зафиксированы в словарях применительно к этой основе. Версия от «бугор» (бугорок) фонетически маловероятна: переход «р» в «н» нехарактерен для русских говоров, а вариант «бугунок» в значении «холмик» нигде не встречается.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. Основной ареал — Ростовская область и Ставропольский край, что подтверждает гипотезу о тюркском корне в казачьей среде. В метрических книгах XIX века носители фамилии числятся государственными крестьянами и казаками, то есть сословно фамилия не была дворянской, а принадлежала к податным или служилым слоям.

Таким образом, Бугунков — это фамилия, возникшая на стыке двух культур: тюркское по корню имя получило русское оформление и закрепилось на южных окраинах России, скорее всего, в среде донских или кубанских казаков.