Фамилия Бугун образована от аналогичного именования, которое, вероятнее всего, имеет тюркское происхождение и восходит тюркскому слову «bugun», которое означает «сегодня». Также не исключена связь именования Бугун со аналогичным диалектным названием растения. Бугун – это одно из народных названий багульника. Возможно, что именование Бугун было именем. Багульник в славянской демонологии относится к «растениям-оберегам», которые использовались для защиты от нечистой силы. Магические свойства они приобретают благодаря своим природным свойствам, в данном случае ядовитому соку. Соответственно, именование Бугун могло использоваться как имя-оберег. Так, в документах начала XX века упоминаются: Бугун Маргарита Владимировна (родилась в 1888 году в Томске), Бугун Тимофей Федорович.