Фамилия Бугун — редкий пример, где за коротким звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. Самая прямая версия отсылает к тюркскому слову «bugun» — «сегодня». Вряд ли это было бытовое прозвище вроде «сегодняшнего» человека; скорее, так могли назвать ребёнка, родившегося в день какого-то важного события, или же это было имя-пожелание, связанное с сиюминутным, «здешним» счастьем. Тюркская основа для фамилии логична, учитывая, что носители фамилии встречаются в Сибири и на Дальнем Востоке.

Но есть и другая, не менее интересная версия, которая уводит нас в народную ботанику и славянские поверья. Бугун — одно из диалектных названий багульника. Это растение в славянской традиции считалось сильным оберегом: его ядовитый сок, по поверьям, отпугивал нечистую силу. Имя Бугун могли дать ребёнку как оберег — чтобы зло обходило его стороной, как обходит ядовитый куст. Такие «растительные» имена-обереги (Репеёк, Крапива) встречались в русской деревне, хоть и нечасто.

Таким образом, фамилия Бугун могла возникнуть двумя независимыми путями: как тюркское именование по слову «сегодня» или как славянское прозвище от названия багульника. В обоих случаях это не патроним (не от имени отца), а прямое прозвище, которое закрепилось за родом. Документы начала XX века фиксируют фамилию в Томске — Бугун Маргарита Владимировна (1888 года рождения) и Бугун Тимофей Федорович. Сибирский след хорошо вписывается в обе версии: и тюркское влияние, и местные названия растений там были в ходу. Склоняется фамилия как существительное мужского рода — Бугун, Бугуна, Бугуну.