Фамилия Букербаева почти наверняка тюркская, и её разумнее всего рассматривать вместе с мужской формой — Букербаев. Основа здесь — составное имя Букербай, распространённое у казахов, киргизов, татар и других тюркских народов. Оно состоит из двух частей: «букер» и «бай». Первая часть восходит к арабскому «букр» (بكر) — «молодой верблюд», «первенец» или просто «молодой». Вторая часть — «бай» — в тюркских языках означает «богач», «господин», «хозяин», а в составе имён часто служила пожеланием богатства и знатности. Таким образом, имя Букербай можно перевести как «богатый первенец» или «молодой господин».

Суффикс -ев в мужском варианте указывает на русскую модель оформления фамилий, заимствованную при контактах народов: Букербаев буквально означает «сын Букербая». Женская форма Букербаева образована по тому же принципу, что и в русских фамилиях на -ова/-ева.

Встречается эта фамилия почти исключительно в среде народов Средней Азии и Казахстана, а также в диаспорах. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии часто записывали по-разному: могли писать «Букербаев» и «Букербайев», что отражает неустойчивость транслитерации тюркских имён. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то логично вспомнить Букенбаева или Букеева — там корень «буке» (тоже «молодой верблюд»), что подтверждает общность скотоводческой темы в именах. Предки носителя фамилии, скорее всего, были кочевниками-скотоводами, и имя давалось с надеждой на здоровое потомство и достаток. Никакой связи с английским словом booker («букер») здесь нет — это случайное внешнее совпадение.