Фамилия Булкшас — редкий случай, когда в основе лежит не славянский корень, а финно-угорское прозвище. Скорее всего, её образовали от прозвища Булкша, которое восходит к двум словам: «пул» (место) и «кша» (вода). Вместе они дают значение «место у воды». Предок, получивший такое прозвище, вероятно, жил рядом с рекой, озером или болотом — водоём служил главным ориентиром для односельчан.

Фамилия оформлена по литовской модели: суффикс -ас указывает на мужской род и типичен для литовских фамилий (сравните: Адомас, Бараускас). Это значит, что носитель фамилии Булкшас или его предки жили на территории современной Литвы или в пограничных с ней районах, где смешивались балтские и финно-угорские топонимы. Само прозвище Булкша могло быть заимствовано из языка соседнего финно-угорского народа (например, ливов или эстов) и затем адаптировано в литовской среде.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе почти нет — это делает Булкшас уникальной. Встречается она редко, в основном в северо-западных регионах России и в Литве. Если исходить из модели образования, то первоначально прозвище Булкша закрепилось за одним человеком, а его потомки уже получили фамилию с литовским окончанием. Социальный статус предка определить сложно: прозвище по месту жительства могли дать и крестьянину, и ремесленнику.