Фамилия Буйдаков образована от прозвища или нецерковного имени Буйдак. В основе лежит тюркское слово «буйдак» — в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) оно означает «холостой, неженатый», а также «одинокий, бобыль». В русских говорах Поволжья и Приуралья слово «буйдак» закрепилось примерно с тем же значением — «бобыль», «одинокий бессемейный человек». Прозвище Буйдак могли дать неженатому мужчине, вдовцу или человеку, жившему отдельно от родни.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе Буйдак прибавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Буйдаков, то есть сын Буйдака). Форма без суффикса -ск- говорит о том, что фамилия сложилась в среде крестьян или посадских людей, а не дворянства (для дворянских фамилий характерны суффиксы -ский/-цкий). Встречается фамилия преимущественно в регионах с сильным тюркским влиянием: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди русских старожилов Урала и Сибири.

В ономастике известна параллельная форма — Буйдаковы. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется среди государственных крестьян и однодворцев южных уездов России. Интересная деталь: в некоторых говорах слово «буйдак» имело ироничный оттенок — так называли человека, который «сам себе хозяин», но без хозяйства и семьи. Поэтому прозвище могло быть не только бытовым, но и насмешливым.

Версия о происхождении от тюркского имени Буйдак (в значении «отдельный, особый») менее вероятна: такие имена в тюркской традиции встречаются реже, чем бытовые прозвища. Фамилия не имеет отношения к буйству или буйному нраву — это народная этимология, не подтверждённая данными.